Als Sonic in der Green-Hill Zone unterwegs ist, erreicht ihn eine Nachricht von Tails: Knuckles ist von sogenannten plünderern entführt worden. Wer sie sind und woher sie kommen weiß keiner, doch Sonic mach sich auf den Weg, um sie zu besiegen. Unterwegs trifft sie auf Amy Rose, die ihm mitteilt, dass sie nun einen Freund hat. Obwohl sie endtäuscht darüber ist, dass Sonic kein bisschen eifersüchtig ist, schließt sie sich ihm an. Auf dem Weg nach Central City begegnet ihnen auch schon der erste dieser Plünderer, den sie mit Hilfe von Poweraktionen besiegen können. In Central City begegnen Sonic und Amy endlich Tails, der sich ihnen ebenfalls anschließt. Der nächste Character auf den sie treffen ist Rouge the Bat, die für die GUN-Soldaten arbeitet.
Diese teilen ihnen mit, dass sie durch Team Chaotix auf einige Verstecke gestoßen sind, in denen Knuckles sich aufhalten könnte. Allerdings ist für Sonic und seine Freunde der Ausgang zu den Mystic Ruins gesperrt, bis Tails auf die geniale Idee kommt, den Tornado zu benutzen. Dort stellt sich ihnen jedoch ein neues Hinderniss in den Weg: Ein giftiger Nebel hindert sie am Durchgang. Da taucht jedoch zum Glück Big the Cat auf, der Gegen den sogenannten ,,Niesnebel" immun zu sein scheint. In den Mystic Ruins findet man nun endlich auch das richtige Versteck der Plünderer. Nachdem Knuckles gefunden ist, sucht Tails nach einer Möglichkeit mehr über die Plünderer herauszufinden. Das auftauchen mehrerer Mysteriöser Eggman Geräte kommt im gerade recht. Mit seinem Neuendwickelten Eggman-Aufspürer kann er sie finden. Eines von ihnen besitzt Shadow the Hedgehog, der ganz und garnicht begeistert von Sonics Auftauchen ist. Er behaubtet steif und fest, nichts mit Eggman zu tun zu haben.
