In Sonic Heroes kann man mit vier verschiedenen Teams spielen: Team Sonic(Sonic, Knuckles, Tails), Team Dark(Rouge, Shadow, Omega), Team Rose( Amy, Cream, Big) und Team Chaotix( Vector, Espio, Charmy).
Das Ziel ist bei allen erstmal gleich: Eggman zu besiegen. Besonderheiten bilden besonders Team Dark und Team Chaotix. Team Dark, welches am schwersten spielbar ist, sieht alle anderen Teams als Feinde an und will diese möglichst schnell besiegen. Mit Team Chaotix müssen Missionen bestanden werden, etwa Einsiedlerkrebse sammeln oder alle Eggman Roboter zerstören. In Team Rose hingegen sucht Amy nach Sonic, Big nach seinem Freund Froggy und Cream nach Chocola, Cheeses Zwillingsbruder.
